位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

电击文库最畅销的轻小说《魔法禁书目录》曾在2008年10月由J.C.Staff改编成同名TV动画并大获好评，其外传《某科学的超电磁炮》也于09年10月改编成TV动画，相信不少观众早已拜倒在炮姐裙底的安全裤上。5月20日从日本著名的映像出版会社TSUTAYA传出了2010年秋天动画二期的图片。

魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……! 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。

2095年10月31日。　　未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。　　自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，　　世界因新的战略级魔法师登场而震撼。　　其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感，　　为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。　　约两个月后的12月24日。　　就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，　　达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。　　雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，　　是和她同龄的女孩子。　　与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。　　她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。　　她身为STARS历代最年轻的总队长，　　是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。

故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。　　司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。

とある魔術の禁書目録たん　　Blu-ray DVD初回予約特典ディスクに収録のおまけアニメ。　　原作の出版社やアニメの制作会社が同じことから『しゃくがんのシャナたん』同様、ちびキャラ化したインデックスことインデックスたんをはじめ、各登場キャラクターたちが繰り広げる公式パロディ作品である。基本的には本編のパロディだが、『しゃくがんのシャナたん』のものまね（「とある魔術の座談会2」にて、ものまねについての言及がある）や出演声優に関するネタ、さらには出演声優による地の会話などが加えられている。この他、テレビアニメのプロモーションでコラボレーションを行った『とらドラ!』や『俺の妹がこんなに可愛いわけがない』、制作会社繋がりの『探偵オペラ ミルキィホームズ』やネット上でネタになっていた二期OPや、さらには『侵略!イカ娘』『リングにかけろ』などのパロディや外伝作品『とある科学の超電磁砲』の宣伝などもネタにしている。なお、インデックスたんは後に『しゃくがんのシャナたん』への出演も果たしている。『とある魔術の禁書目録たん3』ではシャナたんと同じ声優繋がりであるアニェーゼもちびキャラ化しており、更に作中シャナたんを髣髴とさせる発言を行っている。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

拥有着可以制裁伤害人类的恶灵并将其送往彼世的能力的天才魔法律执行人六冰透及其助手草野次郎，一直以来都有为恶灵所困扰的人们来向他们求助。和圆宙继战斗过后数日，六冰和次郎从魔监狱返回，终于回到了自己的日常生活之中。然而在这样的六冰等人的面前，执行人五岭陀罗尼丸的出现，将他们卷入了新的战斗之中——。

虽然涅吉（佐藤利奈 配音）只有10岁，但他强大的魔法能力使得他足以担负起任教麻帆良学院的重任，只是，性格有些害羞又未经人事的涅吉，要他面对班上31名年长且清纯可爱的女生，这样真的没问题吗？　　每一个魔法使的身边，都会存在一个保护大的勇士，两人之间要签订契约，生死与共。而一直没有勇士相伴的涅吉，居然在阴差阳错之下，和自己的学生，巨力系少女神乐坂明日菜（神田朱未 配音）签订了契约。除此之外，情报通朝仓和美（笹川亚矢奈 配音），文学少女绫濑夕映（桑谷夏子 配音），阴阳师近卫木乃香（近卫木乃香 配音），这些女孩子们的出现，也为涅吉惊险刺激的生活增添了一份欢乐。

奈基虽然还只是一个十岁的少年,但是他已经是英国国立魔法学校的优秀毕业生了.以成为出色的魔法使为目标的奈基,为了完成毕业论文而来到麻帆良学园担任女子中等部二年A班的导师.刚来报道的第一天,温和的奈基就不幸的惹到了班上活泼脱线的女生神乐坂明日菜,虽然他小心翼翼的保守自己会使用魔法的秘密,但是一次为了救班上的图书管理员宮崎のどか同学,不小心被神乐坂明日菜看到,并且因为意外KISS而与之结下契约,成为魔法使从者.奈基和神乐坂明日菜等31位女生的笑闹校园生活从此揭开了序幕……